После закрытия храма в 1937 году в здании церкви размещались склады Балахнинского городского торга, которые были переведены оттуда осенью 1988 года.[2] Возрождение началось в 1989 году. Были возобновлены богослужения и начались работы по восстановлению и благоустройству церкви.
Храм является соборным, а его настоятели возглавляют Балахнинское благочиние. Действует воскресная школа, в которой также обучаются дети из прихода Свято-Троицкой церкви. С августа 2010 года ежемесячно выходит газета «Православный вестник».
Раньше на месте церкви было два деревянных храма: один датировался 16 веком, а другой — 17. Однако к началу 19 столетия постройки обветшали, было решено восстановить святыни. Средства на каменное здание пожертвовал местный граф из рода Шереметевых. Сретенская церковь обрела два придела и высокую колокольню с тремя ярусами.
Ныне это самый молодой храм в Балахне.
С установлением советской власти церковь, как и большинство религиозных организаций того времени, была закрыта. Удивительно, но кроме главного колокола (его сбросили на землю), практически никакая церковная утварь не пострадала, и уже в годы Великой Отечественной войны здесь возобновились богослужения.
Сегодня Сретенский храм выделяется среди других святынь города. Каменная 5-главая церковь построена в традиционном архитектурном стиле с элементами классицизма и барокко и выполнена в бело-небесных тонах, а особенно привлекают внимание яркие синие купола, сверкающие под солнечными лучами. Трехступенчатая колокольня возвышается над всей композицией, но сочетается с ней по стилю.
Троицкая церковь была заложена в 1757 году, окончательно достроена и освящена в 1784-м. Ее построили на территории городского кладбища на средства горожан в стиле традиционного зодчества начала XVIII в.: четверик, увенчанный двумя восьмериками под куполом, с трапезной и отдельно стоящей колокольней. Успенский придел был освящен в память упраздненной городской церкви, существовавшей в XVI–XVIII вв.
В 1931 году в связи с проведением высоковольтной линии церковь решено было закрыть и снести, но благодаря обращению верующих в Президиум ВЦИК это решение отменили. После запрещения колокольного звона в Балахне в 1935 году колокольню изъяли из пользования верующих и разрушили. Богослужения в Троицкой церкви прекратились в 1938 году. Окончательное решение о закрытии церкви «за неуплату налогов» было принято горсоветом 20 марта 1941 года.
Во время и после войны в здании церкви, по некоторым сведениям, располагался больничный лазарет для пленных немецких военнослужащих, трудившихся в Балахне на восстановлении Горьковской ГРЭС.
С 1977 года в здании церкви работали мастерские похоронного обслуживания по изготовлению гробов.
Богослужения в храме возобновились с 1995 года. Первым настоятелем во вновь открытом храме был отец Леонид Тимин (†4.10.2012, похоронен рядом с храмом).